本项目将依据生产车间楼层、产线及上下游工段等原则对管道与罐体系统进行划分，采用具备Batch功能的SIEMENS PCS7平台作为控制系统。系统架构基于410-5H CPU，CPU与I/O模块之间通过Profinet环网实现通讯，整体采用服务器-客户端模式，并配备相应数量的HMI工控机。所有电子电气设备均需满足所属区域的防爆要求。
人机界面（HMI）的画面风格与逻辑控制程序将严格依据用户规范进行开发与组态，最终形成针对各程序的独立功能模块。
PCS7系统实现了对上游合成与下游纯化工艺的全面控制：脱保护剂、活化剂、硫化剂、碘液及后处理液等试剂的配制；对含DMF、氨水、乙醇、二氯乙酸等缓冲液管路的进料、排空与清洗；辅助合成仪完成寡核苷酸合成关键步骤：脱保护、偶联、加帽、氧化及切割。下游系统控制涵盖：浓碱罐、盐溶液罐、磷酸盐缓冲液罐等容器的进料与排料控制；支持完成寡核苷酸的中和、退火及超滤纯化等。
